Или аллергия на ладан, или такая реакция на духоту и нехват свежего воздуха, такое не редкость. Или таки да, в церковь ходят в рань и не поев... кстати, у меня такая же особенность, это самое комбо "не выспалась+еще не завтракала+духота" чревато дурнотой, могу и в обморок грохнуться. И раза 3 в жизни грохалась, а стопицот раз отсиживалась на лавочке и приходила в себя без полной отключки, правда, это было не в церквях, а в поликлиниках да в душных автобусах-поездах. Уже знаю свои особенности и стараюсь если рано вставать, то обязательно позавтракать, а если завтракать нельзя (анализы сдавать и все такое), то постараться более-менее выспаться (не колобродить допоздна и лечь вовремя), и в любом случае постараться обеспечить себе свежий воздух. Тогда все в порядке, главное - не допускать сочетания всех трех факторов.
Значит, и нечего по церквям ходить. Если веришь - Бог и так услышит и дома, а если нет - так и тем более там делать нечего. Или как вариант - если так хочется, попробовать сходить не на заутреню, а на обедню, поев. Может, тогда самочувствие будет вполне нормальное, тогда хоть причина станет ясна.